El renovado Museo Fuerte Casamata ofrece a sus visitantes dos ejes temáticos en los que hace un resumen de los complejos acontecimientos que gravitaron sobre la ciudad de Matamoros:

En el Primero (Salas 1, 2 y 3 Marcada con rojo) "El origen y desarrollo de esta urbe fronteriza, así como el destino que tuvo su legado como patrimonio histórico

Y en el Segundo (Salas 4 y 5 marcadas con azul) "los diversos eventos militares que en ella tuvieron lugar, cuya presentación está a la vista en el restaurado y emblemático Fuerte Casamata